先天性尿道憩室的确切病因仍未被证明。目前认为先天性尿道憩室主要因胚胎发育异常导致憩室形成。获得性尿道憩室是因尿道梗阻、创伤、感染及尿道周围组织病变致尿道破坏等原因所致，且因性别不同憩室形成原因也有所不同。

1、先天性尿道憩室

（1）女性

病因尚不清楚。有学者认为和异位输尿管开口残余、感染、尿道旁腺或Gartner管有关。

（2）男性

发病原因意见不一。可能由尿道海绵体的某处局部发育缺陷所致。也可能与正常尿道或副尿道腺的囊性扩张有关。

2、获得性尿道憩室

（1）女性

有两种情况。一是尿道腺感染或梗阻之后形成囊肿，然后向尿道内穿破形成尿道憩室。二是尿道损伤后尿道壁变薄弱，当尿道内的压力增高时，变薄的尿道壁逐渐向外扩张形成尿道憩室。

（2）男性

可能与尿道狭窄、尿道下裂、长期使用阴茎夹、尿道感染、尿道外伤等有关。

①尿道狭窄：出口梗阻使缺乏支持的尿道薄弱区域如尿道腹侧扩张形成囊袋样膨大。

②尿道下裂：尿道成形术后因替代段组织过多且缺乏支持组织，易形成囊状、袋状扩张而形成憩室。

③长期使用阴茎夹：使尿道组织受压损伤，人为地造成出口梗阻。

④尿道感染、尿道外伤、尿道旁腺体感染后的脓肿破坏尿道：淋球菌感染、结核或长期留置导尿管引起的慢性尿道炎；会阴部骑跨外伤后的球部尿道损伤引起；多次尿道镜操作及多次插导尿管对前尿道造成一定损伤；截瘫患者尿道功能不良、轻微尿道损伤（如导尿）也有可能形成假性憩室。