亚急性甲状腺炎的具体病因尚不明确，目前认为其与病毒感染有关，多数患者在发病前有呼吸道感染或腮腺炎感染病史。此外，本病的发生还可能与遗传、自身免疫相关。

1、感染

（1）病毒感染：麻疹、柯萨奇病毒、EB病毒、腺病毒、埃可病毒、流感病毒、流行性腮腺炎病毒、风疹病毒以及肠病毒、反转录病毒、细胞巨化病毒等一种或多种病毒同时感染后可继发本病。偶有报道注射流感疫苗后发病。

（2）非病毒感染：也有报道Q热或疟疾之后发生本病。

2、遗传相关研究证实，SAT的确具有HLA易感亚型，但存在地理分布与种族差异。

3、自身免疫近年来，有人发现部分SAT患者有自身免疫抗体存在，如甲状腺过氧化酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）、TSH受体抗体、甲状腺刺激抗体（TSAb）以及抗甲状腺抗原的致敏T淋巴细胞等。目前认为，这些抗原的释放能使适当量T淋巴细胞致敏，难以构成致病因素。有些患者病后长期保留甲状腺自身免疫证据，少数患者于本病前后发生甲状腺自身免疫疾患，其机制尚未十分明了。