功能性胃肠病是由肠道微生态、黏膜免疫功能的改变、肠道信号变化内脏高敏、中枢神经系统对肠道信号和运动功能调节异常等多种因素相互作用的结果。

功能性胃肠病主要与消化道动力紊乱、内脏高敏感性、黏膜和免疫功能改变、肠道菌群变化、胃肠道感染、中枢神经系统处理功能异常、精神和社会因素相关，而其中功能性消化不良和肠易激综合征的因素又略有差异。

1、功能性消化不良可能与下列多种因素有关

（1）胃肠动力障碍：包括胃排空延迟、胃十二指肠运动协调失常。

（2）内脏感觉过敏：功能性消化不良患者胃的感觉容量明显低于正常人。内脏感觉过敏可能与外周感受器传入神经、中枢神经系统的调制异常有关，即脑-肠轴的功能异常。

（3）胃对食物的容受性舒张功能下降：胃容受性受损主要表现在胃内食物分布异常、近端胃储存能力下降、胃窦部存留食糜。

（4）胃酸分泌增加和胃、十二指肠对扩张酸、其他腔内刺激的高敏感性：部分功能性消化不良患者的临床症状酷似消化道溃疡，而且抑酸药物可取得较好的疗效。

（5）幽门螺杆菌感染：尚无法确定幽门螺杆菌是否在功能性消化不良的发病中发挥作用。

（6）精神和社会因素：功能性消化不良患者存在个性异常，焦虑、抑郁积分显著高于正常人和十二指肠溃疡组。

2、肠易激综合征是多因素共同作用的结果

（1）胃肠动力学异常：结肠电生理研究显示肠易激综合征以便秘、腹痛为主者3次/分钟的慢波频率明显增加。腹泻型肠易激综合征高幅收缩波明显增加。

（2）内脏高敏感性：肠易激综合征患者对胃肠道充盈扩张、肠平滑肌收缩等生理现象敏感性增强，易产生腹胀腹痛。

（3）中枢神经系统对肠道刺激的感知异常和脑-肠轴调节异常：肠易激综合征患者存在中枢神经系统的感觉异常和调节异常，肠易激综合征可以被认为是对脑-肠系统的超敏反应，包括对肠神经系统和中枢神经系统。

（4）肠道感染：肠易激综合征的发病与感染的严重性及应用抗生素时间均有一定相关性。

（5）肠道微生态失衡：肠易激综合征腹泻型患者乳酸菌、脱硫弧菌和双歧杆菌数量明显减少，而肠易激综合征便秘型患者韦荣球菌数目增加。

（6）精神心理障碍：大量调查表明，肠易激综合征患者焦虑、抑郁积分显著高于正常人，应激事件发生频率亦高于正常人，对应激反应更敏感和强烈。