虽然长期以来对溃疡性直肠炎作了大量的研究和探索，但迄今其特异性的病因依然不明。曾提出过多种假设和学说，但尚未能得到多数人的认同。一般认为相关的发病因素有：免疫学因素、感染因素、遗传因素和精神因素。

基本病因

被认为与发病有关的因素包括：1、免疫学因素为自身免疫介导的组织损伤是发病的重要因素，某些侵犯肠壁的病原体与人体大肠上皮细胞存在交叉抗原，自身抗体在与肠壁内病原体发生作用的同时也杀伤了自身的上皮细胞。

2、感染因素在某些病例的粪便中培养出细菌，在透射电镜中发现病变肠壁内有病毒颗粒，认为感染是溃疡性直肠炎的致病因素。

3、遗传因素目前认为本病不仅是多基因疾病，也是一种遗传异质性疾病，患者在一定环境因素作用下由于遗传易感性而发病。

4、精神因素由于精神障碍所引起的自主神经功能失调可能是发病的另一因素。

危险因素

1、种族相对于黄种人和黑种人来说，白种人发病更多见。

2、家族史有溃疡性直肠炎家族史的人群，更易患病。