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角膜基质炎可能与细菌、病毒、寄生虫感染有关，梅毒螺旋体、麻风杆菌、结核杆菌和单纯疱疹病毒感染是常见的病因。虽然本病多为感染引起，但发病机制被公认为是宿主对感染原的免疫反应，而不是病原活动感染的直接结果，属于迟发型变态反应。
1、梅毒螺旋体
先天梅毒所致的角膜基质炎发病年龄多在5~20岁，两眼同时或先后发病，后天梅毒偶然也会发生。患者90%呈现康-华氏阳性反应，同时尚有其他典型的胎传梅毒的特征，即赫金森氏齿及重听，连同角膜基质的混浊，构成典型的赫金森氏三联征。此外尚有鞍鼻等征象。
2、结核杆菌
结核性角膜基质炎比较少见，多系单眼发生，也可以是结核性巩膜炎或虹膜睫状体炎的并发症。
3、病毒
病毒性角膜基质炎也是比较常见的一种，常可在感冒发热后患病。单纯疱疹病毒感染是引起本病的常见原因之一。水痘、带状疱疹病毒也是引起发病的常见原因之一，患者多为单侧发病。
4、其他
寄生虫感染、Cogan综合征、LASIK术后角膜炎及硬化型角膜基质炎等也可引起角膜基质炎。
首先要查到导致角膜基质炎的原因。角膜基质炎一般会导致明显的视力障碍，几乎所有的角膜炎患者同时患角膜上皮炎。临床上根据病史和体征就可以诊断，同时实验室检查有助于诊断，治疗原则，对症抗炎治疗或者是手术治疗，如角膜移植手术或者是治疗性的穿透性角膜移植。
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