根据患者症状、查体，以及指检、实验室检查、影像学检查等可明确诊断，诊治需寻找内口位置。

症状

有外口，间歇性或持续性有分泌物流出，呈脓性、带血、黏液样。

体格检查

在肛周皮肤可见单个或多个外口，呈乳头状突起或为肉芽组织隆起，按压外口可溢出少量分泌物，有助于初步判断瘘管的形态、肛瘘的复杂程度。

肛门指检

肛内可触及伴压痛的硬结状内口，或触及条索样瘘管。

实验室检查

血常规可了解有无并发急性感染。

判断内口位置

可通过古得索尔（Goodsall）规律、亚甲蓝溶液染色、碘油瘘管造影、肛门镜下探查瘘管、磁共振成像（MRI）等方法确定内口位置。

按瘘管位置的高低可分为：低位肛瘘、高位肛瘘。

按瘘管与括约肌的关系可分为：肛管括约肌间型，约占肛瘘70%；经肛管括约肌型；肛管括约肌上型；肛管括约肌外型，此型最少见。

按肛瘘复杂程度可分为：

1.单纯性肛瘘：只有一个外口、一条瘘管、一个内口。若只有一个外口及瘘管，称为单口外瘘；若只有一个内口与瘘管，称为单口内瘘。

2.复杂性肛瘘：在肛门内外有3个或以上的开口，或2条以上的瘘管。