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甲状腺微小癌可由多种病因引起，包括放射线接触、碘摄入不当、淋巴性甲状腺炎、家族遗传等原因，妊娠或外源性雌激素的使用、自身情绪控制不当等高危因素也会导致甲状腺微小癌的发生。
基本病因
1、放射线接触
一般而言，放射线能够导致染色体断裂，引起基因重排进而导致抑癌基因的失效。颈部放射接触史可导致甲状腺良性和恶性结节的发生，并且易引起多灶性肿瘤的发生。儿童更易受放射线接触的影响。
2、碘摄入不当
碘是合成甲状腺激素的必需原料。缺碘引起甲状腺滤泡细胞代偿性增生，导致甲状腺肿。
3、淋巴性甲状腺炎
乳头状甲状腺癌中通常可见淋巴细胞浸润，这一现象提示免疫因子可能参与恶性肿瘤的发生发展，淋巴性甲状腺炎可能是甲状腺恶性肿瘤的早期表现，但其确切机制依旧不明。
4、家族遗传
遗传性因素对于甲状腺癌的发生也是同样重要的。若父母患有甲状腺癌，则患肿瘤风险增加3.2倍；若同胞兄妹患有甲状腺癌，则患肿瘤风险增加6.2倍。
危险因素
1、妊娠或外源性雌激素的使用可增加甲状腺微小癌的发病风险。
2、长期压力过大，情绪控制不佳。
