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多数肠系膜动脉瘤与感染性因素有关。其中细菌感染引起的动脉瘤占60%，绝大多数是由非溶血性链球菌感染引起的亚急性细菌性心内膜炎所致。其他病因有动脉壁结构异常、外伤或医源性损伤等。
1、感染性因素
感染性因素是引起肠系膜上动脉瘤的主要原因。其中细菌感染引起的动脉瘤占所有肠系膜动脉瘤的60%，绝大多数是由非溶血性链球菌感染引起的亚急性细菌性心内膜炎所致。细菌性动脉瘤好发于肠系膜上动脉的原因还不明确，可能与从主动脉发出的肠系膜上动脉的起始方向和直径有关，这使得感染的心脏栓子更容易在肠系膜动脉上停留，从而发生本病。其他真菌感染、梅毒、胰腺炎等也可引起本病的发生。
2、动脉壁结构异常
动脉硬化是引起肠系膜下动脉瘤的主要病因，其他能造成动脉壁结构异常的病因也能导致肠系膜动脉瘤的发生，如动脉中膜退行性变性、结节性动脉炎、动脉周围炎等。
3、外伤或医源性损伤
其中引起肠系膜动脉瘤的外伤主要为腹部钝击伤，介入手术术中操作不当也有可能导致肠系膜动脉瘤的发生。这类病因引起的动脉瘤多为假性动脉瘤。
