乳糖不耐受的根本原因是乳糖酶缺少。乳糖酶缺少的原因可能是乳糖酶基因突变，或其他疾病导致小肠绒毛受损、乳糖酶暂时分泌不足。此外，还受种族、年龄等因素影响。

基本病因

乳糖是哺乳动物乳汁中一种重要的营养成分，也是人体正常的新陈代谢和生长发育的能量物质，母乳中的乳糖是婴幼儿最重要的能量来源。乳糖摄入人体进入小肠后，通过小肠黏膜刷状缘上的乳糖酶作用，被分解成为葡萄糖和半乳糖，被人体吸收利用。当乳糖酶基因突变、或有其他疾病导致小肠绒毛受损、或是受种族、地区环境等因素的影响导致乳糖酶分泌减少，则乳糖无法被完全分解，无法被小肠吸收利用，进而导致患者出现一系列不适症状。

危险因素

1、年龄随着年龄的增长，乳糖不耐受的发生率增加，主要是因为患儿在断奶后，乳制品的摄入量减少，体内乳糖酶数量、活性随之代偿性下降；等之后再次进食大量乳制品时，乳糖酶的消化能力不足，无法完全分解食物中的乳糖，就会出现乳糖不耐受的症状。

2、早产在胚胎发育晚期，胎儿的小肠绒毛才逐渐开始分化出具有乳糖酶分泌功能的细胞，若胎儿过早娩出母体，这一分化过程尚未完成，则可能导致婴儿体内的乳糖酶水平降低，进而诱发乳糖不耐受。

3、种族非洲、亚洲、西班牙裔和美洲印第安人后裔中，乳糖酶缺乏症最为常见，这可能与人种起源的地区环境以及种族发展过程中形成的饮食生活习惯有关。

4、累及小肠绒毛的其他疾病如乳糜泻和克罗恩病等，可能会损伤小肠绒毛，间接影响乳糖酶的分泌，导致患者同时出现了乳糖不耐受的症状。

5、其他腹部癌症患者若经过手术或者放疗、化疗后，治疗部位的正常组织和细胞的功能可能会有损伤，并且这些治疗手段带来的肠道并发症风险，也会增加患者出现乳糖酶缺乏的可能。