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该病潜伏期为2~28天，一般为7~10天。临床症状的严重程度与病程取决于宿主的免疫和营养状况。免疫和营养状况正常者可呈自限性、水样腹泻。免疫功能缺陷患者或婴幼儿常表现为霍乱样水泻或喷射性水样泻，AIDS患者可导致终身顽固性腹泻。
典型症状
1、胃肠道症状免疫和营养状况正常者可呈自限性，水样腹泻，一般无脓血，可有黏液，日排便2~20余次，能自限，病程通常为7~14天，最短1~2天。免疫功能缺陷患者或婴幼儿，腹泻程度严重，常表现为霍乱样水泻或喷射性水样泻，体液丢失严重，病程长达数月。在AIDS患者尤为严重，病死率可高达50%。AIDS患者常表现为慢性腹泻，缓慢起病，腹泻持续，症状多，病情重且持续时间长，病程20日至2年。AIDS患者的免疫缺陷如未得到改善或纠正，感染可持续存在，导致终身顽固性腹泻。腹痛、腹胀、恶心、呕吐、食欲减退或厌食、口渴和发热亦较常见。
2、呼吸系统症状累及呼吸系统时可以表现为呼吸急促、咳嗽、声音嘶哑、哮喘等非特异性的临床症状。
3、关节症状少数患者可以出现包括手、膝、踝和足部关节在内的反应性关节炎。在免疫功能正常的健康人群中，临床症状和体征通常持续2～26天或者轻微。然而，在免疫功能受损的患者中可能出现严重的持续的腹泻，病程一般多在4个月以上。
伴随症状
常伴恶心、呕吐及上腹部痉挛性疼痛等症状，30%～60%的患者可伴发热，常引起继发的对脂肪、D-木糖、维生素B12吸收不良的临床表现。患者腹泻严重时，体液大量丢失，可伴发严重的水、电解质紊乱。患者还可能合并病毒感染，比如麻疹、水痘、巨细胞病毒等。
并发症
隐孢子虫还可感染胆道系统以及胰腺导管，病程较长的患者可发生胆管炎和胰腺炎，临床上出现与之相关的右上腹触痛、黄疸和腹水的症状。
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