治疗原则
免疫功能正常成年隐孢子虫病患者多呈自限性，仅需支持对症治疗。有免疫缺陷者或营养不良的儿童患隐孢子虫病后，除需对症支持治疗外，还应进行抗隐孢子虫治疗。对于AIDS合并隐孢子虫病患者，进行高效抗逆转录病毒治疗也有利于隐孢子虫病的控制。此外，部分免疫疗法对控制隐孢子虫病，亦可能有益。隐孢子虫病的治疗主要包括对症治疗、抗虫治疗和免疫治疗等方法。防止脱水、纠正电解质紊乱、加强营养补充和止泻等对症支持疗法是缓解临床症状的有效手段。目前尚无理想的有效抗虫药物，硝唑尼特有抗隐孢子虫的作用，可能改善临床症状或缩短病程的抗生素有巴龙霉素、螺旋霉素、阿奇霉素等。
药物治疗
1、硝唑尼特在体内有广泛的抗蠕虫、细菌和原虫的活性，包括隐孢子虫，是目前唯一证实有效的抗隐孢子虫药物。但是在AIDS患者中，硝唑尼特治疗失败很常见。
2、巴龙霉素口服巴龙霉素可缓解患者的腹泻症状并能减少包囊排出量。
3、大蒜素在国内试用大蒜素有一定疗效。
4、其他螺旋霉素、阿奇霉素、克林霉素、利福霉素可能有改善临床症状或缩短病程的作用。
手术治疗
通常隐孢子虫病患者不选择手术治疗。
其他治疗
1、补充液体及电解质，以纠正脱水，并纠正酸中毒与电解质紊乱。严重腹泻者，可酌情应用前列腺素抑制剂吲哚美辛，以减少大便次数。
2、及时处理低蛋白血症、维生素缺乏症及贫血等。经验表明，发作期间避免食含有脂肪及乳糖较多的食物，有助于缓解症状，应用谷氨酰胺及其衍生物可能对缓解症状有一定帮助。
3、严重腹泻（每天腹泻量可能≥10L）的患者需要加强支持疗法。部分患者还应给予胃肠外营养。
4、在HIV感染伴免疫缺陷患者中，还需要给予有效的抗反转录病毒治疗。对于AIDS患者使用抗微生物制剂治疗的有效率较低，给予ART使患者的免疫功能重建（CD4+T淋巴细胞计数≥100/μl）有助于隐孢子虫病的缓解，所有隐孢子虫感染的AIDS患者必须接受ART作为必需的初始治疗。
糖尿病患者可适量吃芋头，但须严格把控食用量，因芋头含碳水化合物，过量摄入易致血糖波动，对病情控制不利。芋头作为一种营养丰富的根茎类蔬菜，富含膳食纤维、维生素以及矿物质等多种对人体有益的成分。对于糖尿病患者来说，芋头中的膳食纤维能够减缓食物在胃肠道的吸收速度，进而有效控制餐后血糖的急剧升高。同时，芋头所含的维生素和矿物质也有助于提升患者的免疫力，促进整体健康。不过，糖尿病患者在享用芋头时，必须注意控制食用量。芋头中含有一定量的碳水化合物，如果过量食用，会导致血糖水平上升
