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难治性贫血的病因尚未完全明确，原发性难治性贫血病因不明，继发性难治性贫血可能与接触放射线、化学毒物或接受化疗药物治疗有关。
基本病因
1、接触放射线
电离辐射能引起染色体异位和缺失，进而致病，可见于原子弹幸存者和肿瘤照射治疗后。
2、接触化学毒物
苯等有机毒物经肝脏代谢后堆积在骨髓内，对骨髓产生高度毒性作用，从而导致难治性贫血的发生。
3、接受化疗药物治疗
本病可在多种疾病化疗后出现，尤其是烷化剂后可使本病危险性增加，并且其危险性与累积的烷化剂剂量有关。
危险因素
1、食用肉食和面食较多会产生更多的酚和氢醌，容易患难治性贫血。
2、患有克罗恩病等炎症性肠病的患者其肠道菌群产酚增高，患本病的风险大。
