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自身免疫性疾病的临床诊断主要基于患者的症状和体征、实验室及影像学检查。对于早期可能出现的反复发热、反复关节炎、不明原因的肝炎等不典型表现，应提高警惕，避免诊断和治疗的延误。
自身免疫性疾病分为器官特异性和全身性自身免疫病。
1、器官特异性自身免疫病
患者的病变一般局限于某一特定的器官，由针对特定器官的靶抗原的自身免疫反应引起。此外，某些自身抗体可通过对靶器官的正常功能过度刺激或抑制而引发器官特异性功能异常型自身免疫病。
2、全身性自身免疫病
又称为系统性自身免疫病，由针对多种器官和组织的靶抗原的自身免疫反应引起，患者的病变可见于多种器官和组织，病变分布广泛，如皮肤、肾脏和关节等均发生病变，表现出各种相关临床体征和症状。
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