黄体功能不全的病因至今尚不完全清楚，可能与黄体分泌孕激素不足、子宫内膜接受功能不良、子宫内膜上的孕激素受体（PR）异常等有关。

1、促性腺激素释放激素（GnRH）脉冲频率过低

GnRH脉冲频率过低引起卵泡期（FSH）分泌不足和排卵期（LH）高峰降低，黄体期LH分泌不足和抑制素升高，都会影响卵泡发育；在卵泡发育过程中，雌激素分泌不足会影响FSH及LH受体合成，排卵期和黄体期LH分泌不足影响颗粒细胞黄素化，导致孕酮分泌降低，虽有排卵但影响黄体的发育。因此，卵泡发育异常最终可转变成黄体细胞缺陷。

2、甲状腺疾病

甲状腺疾病包括甲状腺功能亢进（简称甲亢）和甲状腺功能低下（简称甲低）可反馈性抑制垂体促性腺激素分泌，造成LPD。

3、子宫内膜细胞孕激素受体（PR）异常

子宫内膜细胞PR异常对黄体分泌的激素反应性低下，即使黄体功能正常，内膜发育也不良。

4.、泌乳素（PRL）升高导致LPD

PRL可参与LH的释放，影响卵巢黄体的发育及孕酮的合成分泌，LPD妇女高泌乳素血症（HPRL）的发生率为46%~70%。

5、子宫内膜异位症

微小和轻型子宫内膜异位症不孕妇女LPD包括大的和小的黄体细胞功能异常，与卵泡期雌激素和LH依赖性孕酮生成减少相关。

6、前列腺素分泌异常

子宫内膜可产生前列腺素，前列腺素分泌增加可导致黄体溶解、过早萎缩和孕激素生成减少。

7、高雄激素血症

多囊卵巢综合征和多毛症时，高雄激素血症通过抑制GnRH-Gn分泌，干扰卵巢排卵和性激素分泌，导致黄体功能不全、未破裂卵泡黄素化综合征（LUFS）、无排卵和不孕。

8、药物因素

药物因素包括氯米芬（CC）、促性腺激素、合成孕激素、前列腺素等。CC可抑制子宫内膜对孕酮的反应性，引起雌激素分泌与子宫内膜组织反应失同步化，不利于孕卵植人和胚胎发育。CC诱发排卵后，有20%~50%的患者发生LPD。CC可引起子宫内膜组织雌激素受体（ER）、PR的含量及功能异常，抑制ER生成，降低PR功能，导致子宫内膜分泌化不足。