肛管癌的诊断主要根据临床症状，依靠肛管、直肠指检结合病理学检查结果，与直肠癌、肛瘘等鉴别后即可。

诊断依据

1、对有肛门刺激症状，肿块结节等或原有肛门部疾患者，局部出现硬结或溃疡时应考虑到有本病的可能性而进行进一步检查。

2、肛门部视诊、肛门指检、肛门镜检查可见肛管部有硬结或癌性溃疡，晚期肛门括约功能松弛，肛门指检可明确癌肿的性质、扩展范围及固定程度等。

3、本病的最后确诊有赖于肿块的活组织检查，阳性者即可确定诊断。

4、腹股沟淋巴结触诊检查，若发现淋巴结肿大而坚韧者，应进行淋巴结活检，明确其性质。

鉴别诊断

1、直肠癌

直肠癌可以侵犯到肛管，甚至可以到达齿线处。诊断要靠病理检查。但直肠腺癌的预后较鳞状细胞癌为佳。

2、肛瘘

感染性肛瘘的表现有时类似肛管癌，肛瘘多在肛管后、前正中处，并与齿线处相连，肛管黏膜完整，探针检查有助于鉴别。

3、恶性黑色素瘤

该肿瘤在肛管处少见。典型的黑色素瘤外观似血栓性痔，但触诊为硬性结节，偶有压痛。若表面有色素及溃疡，则诊断不难，但半数黑色素瘤无色素，易误诊，活检可明确诊断。

WHO根据肛管癌的病理分为鳞状细胞癌、腺癌、粘液腺瘤、小细胞癌和未分化癌。