婴儿肠痉挛的病因尚不清楚，胃肠动力异常、肠道菌群失调、乳糖不耐受、心理社会因素等都可能导致婴儿肠痉挛的发生。此外，该病还可能与胃食管反流、食物过敏、肠激素失调、睡眠问题、烟草暴露以及自主神经系统的失调有关。

1、胃肠动力异常

（1）婴儿发育中的肠道神经系统暂时性功能失调，可能导致婴儿肠道运动增强，从而引起肠道痉挛，尤其是在生命最初几周。

（2）胃肠道中含有多种参与肠道蠕动的调节激素，如血管活性肽、胃泌素、胃动素和胃饥饿素等。有研究显示，患儿的这些激素可能存在异常，如胃动素（可促进胃排空、增加小肠蠕动、减少运输时间）浓度显著增加。

2、肠道菌群失调

肠道菌群失调或肠道内非共生菌在肠道内定植，均可引起婴儿发生肠绞痛。此外，幽门螺杆菌感染可能也是婴儿肠痉挛的诱发因素。

3、乳糖不耐受

由于小肠乳糖酶缺乏或不足，使乳糖未能在小肠完全分解和吸收，当乳糖进入结肠后，由乳酸杆菌和双歧杆菌发酵，产生乳酸和氢气等，从而使结肠迅速扩张，并引起疼痛；而结肠中的乳糖和乳酸产生的渗透压可造成水分的大量渗入，导致肠道进一步扩张，加重疼痛。然而有研究显示，低乳糖或无乳糖配方奶对减少婴儿哭闹并没有明显的效果，乳糖不耐受与婴儿肠绞痛可能并无直接关系。

4、自主神经系统失调

目前普遍认可的假说认为，婴儿肠痉挛与中枢神经系统发育不平衡密切相关。

5、环境因素

如心理社会问题、家庭暴力、亲子互动缺乏、父母的焦虑或抑郁，在婴儿肠痉挛的发生中也起到了重要的作用。婴儿肠绞痛与各种围生期因素有关，包括母亲的教育程度、吸烟习惯等。

6、喂养障碍

（1）如存在乳头定位困难、口腔运动障碍、舌系带过短或感官处理问题等，很可能导致敏感的婴儿出现哭闹、烦躁，甚至喂养困难。

（2）喂养技巧不得当（如喂养不足、过度喂养、吞入空气、喂养后拍背不够）可能与本病有关。研究发现，与使用普通奶瓶喂养的婴儿相比，使用防真空奶瓶喂养的婴儿在清醒状态下保持不哭不闹的时间更长。