本病的病因尚不明确，尚无一致的结论，目前有多种可能的结论，如感染因素、精神神经因素、内分泌因素、微量元素、系统性疾病因素、局部刺激因素、遗传因素、免疫学因素以及微循环因素等。

1、感染因素

曾有学者在病损上皮细胞内发现类似病毒的核内小体，认为是致病病毒；也有学者电镜观察上皮深层有细胞样结构，因此认为系细菌侵入黏膜上皮而发病。目前这两种结论都没有得到证实。

2、精神神经因素

患者因环境、家庭、工作、个人生活等各方面原因，身心活动受到影响、精神受到创伤、紧张、焦虑、忧郁等，使机体发生心理、病理、生化代谢等系列变化，产生失调紊乱而致病。

3、内分泌因素

本病女性患者较多，病情波动与妊娠、更年期及些影响内分泌功能的药物有关。患者雌二醇、睾酮含量多低于正常人。

4、微量元素

近年来注意到微量元素在人体内具有特异的生理功能及与本病的关系。如缺锌小鼠的黏膜可发生不完全角化、棘层增厚，上皮可有不典型增生。但扁平苔藓患者血清锌多正常，补锌治疗也未取得明显效果，故有人认为扁平苔藓不全角化为非本质的继发性的变化。锰对维护线粒体功能有着重要作用，并与它的形成有关。这些都有待进一步研究证实。在检测患者头发微量元素时，发现锌、碘等均低于正常，而镍则高于正常。

5、系统性疾病因素

扁平苔藓患者多伴有各种不同的全身性疾病或症状，不少患者发病及病情发展与某些系统疾病存在有关，如糖尿病、肝炎、高血压、消化道功能紊乱等。

6、局部刺激因素

不同金属修复体在口内形成电位差。另外，充填物的刺激等，可引起口腔黏膜苔藓样改变。有报道银汞充填体引起苔藓样病损，少数患者也可能对铜、锌、银等产生变态反应。这些可能为迟发性超敏反应（IV型变态反应），接触性变态可能为游离汞进入黏膜后成为抗原而引起局部反应。

7、遗传因素

家族性扁平苔藓患者所携带的HLA型基因，明显高于非家族性扁平苔藓的对照组，说明扁平苔藓发病可能与遗传因素有关。

8、免疫学因素

本病可能与免疫功能有关。根据本病病情波动、反复及在上皮下固有层有炎症细胞浸润，主要为来自T淋巴细胞的浸润带，因而考虑与免疫因素有关，并证明这些细胞不是局部增生的结果，而是来自血液。许多报道认为，本病与T淋巴细胞介导的免疫反应有关，T淋巴细胞CD3、CD4和CD4/CD8比率显著低于正常人，T淋巴细胞亚群平衡失调，功能降低。产生IL-2能力及淋巴转化功能均显著降低，因此认为主要细胞免疫低下。关于体液免疫是否参与或紊乱尚无一致意见。

9、微循环因素

近些年报道扁平苔藓患者多有微循环障碍和血流动力学异常。主要表现微血管袢模糊，清晰度差，排列紊乱，形态改变细小或有分叉，颜色暗红，血流缓慢等。血流动力学表现全血黏度、血浆黏度增高，红细胞电泳时间延长，红细胞比积增加等。