支配咽部的神经极为丰富，除由迷走神经、舌咽神经、副神经和颈交感干等诸多神经的分支构成的咽丛外，尚有三叉神经第二支和舌咽神经的分支支配喉咽、软腭、舌根、扁桃体等部位的感觉；全身许多器官的疾病，可导致咽部出现感觉异常；大脑功能失调所引起的咽部功能障碍，常伴有咽部的感觉异常。因此，产生咽异感症的病因极为复杂，有关的生理和病理变化，还有待进一步探讨。

1、咽部疾病各种类型的咽炎，扁桃体的病变如慢性炎症、角化症、囊肿、结石、脓肿和瘢痕，咽囊炎，鼻咽、口咽及喉咽的异物、瘢痕和肿瘤，咽后壁淋巴滤泡增生，会厌囊肿，舌扁桃体肥大，舌根部的肿瘤，异位舌甲状腺等。

2、咽邻近器官的疾病茎突过长、甲状软骨上角过长、舌骨与甲状软骨假关节形成、翼突钩过长、咽旁间隙和颈部肿块、颈部瘘管及淋巴结炎、颈综合征（由颈部骨质及周围软组织病变引起）、喉部疾病（如慢性喉炎、早期喉癌、一侧声带麻痹、喉部良性肿瘤等）、牙龈炎、龋齿、慢性外耳道炎、慢性中耳炎、甲状舌管囊肿、甲状腺疾病（如甲状腺肿、炎症及肿瘤等）、原发性口腔干燥症等。

3、远处器官的疾病消化道疾病（如胃及十二指肠溃疡病、幽门痉挛、胃恶性肿瘤、胆道蛔虫病、胆石症等）、心血管系统疾病（如左室肥大、高血压性心脏病、心包积液、主动脉瘤等）、肺部疾病（如气管和支气管炎、肺肿瘤和脓肿、肺炎等）、膈疝等。

4、全身因素严重缺铁性贫血、自主神经功能失调、消化不良、风湿病、痛风、重症肌无力、长期的慢性刺激（如烟、酒、粉尘和化学药物等）、甲状腺功能减退、更年期内分泌失调等。

5、精神因素和功能性疾病咽喉、气管、食管和颈部的各项临床检查均排除了器质性病变，咽部却有异常感觉。主要由大脑功能失调引起，常伴有焦虑、急躁和紧张等情绪，并有“恐癌症”心理。某些神经症和精神病如各种忧郁症、心因性反应症、症状性精神病、周期性精神病、产后精神障碍等，早期可导致某些器官功能改变而诱发本病。