门静脉海绵样变的病因较多，原发性门静脉海绵样变的病因多为门静脉先天发育畸形，继发性门静脉海绵样变最常见于栓子使门静脉闭塞和（或）狭窄。

1、门静脉先天发育畸形

门静脉先天发育畸形或出生后脐静脉与导管闭锁过程中累及门静脉，使门静脉缺失或管腔狭窄甚至闭锁，门静脉血流受阻，机体代偿性地在门静脉周围形成侧支血管丛。

2、门静脉血栓

门静脉血栓导致血流受阻，机体代偿性地形成门静脉侧支血管丛。

3、肝硬化/肝癌

（1）肝硬化及肝癌患者因门脉高压导致血液淤滞，并常有凝血机制异常，易发生门静脉血栓；

（2）门脉高压引起的脾功能亢进可能需要行脾切除术，而手术是血栓及门静脉海绵样变形成的确切危险因素；

（3）肝癌易于血行转移至门静脉形成癌栓；

（4）肝癌患者行门脉造影、肝动脉化疗栓塞术等相应检查治疗易导致血栓的形成。

4、腹部手术

脾切除术后血小板数量增多、血小板功能异常；凝血因子相关抗原含量升高而抗凝血酶活性下降，使血液处于高凝状态；门脉系统血流量减少20%~40%，血流动力学的改变可能使血液形成涡流而有利于血栓形成；残留脾静脉盲端扩张，血流缓慢，则在高凝状态下易形成血栓。脾切除术后形成门静脉血栓，并进一步导致门脉侧支循环的形成，是CTPV产生的重要病因。

5、肝动脉-门静脉瘘

肝动脉-门静脉瘘的形成使门静脉压升高，瘘口的形成易引起血液涡流，进而导致血栓及CTPV的形成。

6、血液增殖性疾病

原发性血小板增多症、骨髓纤维化、阵发性血红蛋白尿等，也可能导致门静脉海绵样变。