本病的诊断主要基于生化检查ALP、γ-GT异常，胆道影像学示肝内外胆管多灶性狭窄。在诊断过程中，医生需排除继发性硬化性胆囊炎等疾病。有些不典型的原发性硬化性胆管炎，还需与原发性胆汁性肝硬化（PBC）、自身免疫性肝炎（AIH）、药物性肝损伤、慢性活动性肝炎、酒精性肝病等相鉴别。

诊断依据

1、患者存在胆汁淤积的临床表现及生物化学改变。

2、胆道成像具备典型的影像学特征。

3、排除其他因素引起胆汁淤积。

若胆道成像未见明显异常发现，但其他原因不能解释的疑诊者，需肝活组织检查进一步确诊或排除小胆管型原发性硬化性胆管炎。

鉴别诊断

1、继发性硬化性胆管炎

是一组临床特征与原发性硬化性胆管炎相似，但病因明确的疾病。继发性硬化性胆管炎的常见病因包括胆总管结石、胆道手术创伤、反复发作的化脓性胆管炎、胆道肿瘤性疾病（胆总管癌，肝细胞癌侵及胆管、壶腹部癌，胆总管旁淋巴结转移压迫）、IgG4相关硬化性胆管炎等。

2、AMA阴性的原发性胆汁性肝硬化（PBC）

本病与AMA阴性的原发性胆汁性肝硬化很难鉴别，尤其当胆管造影也无异常发现时，需经肝活体组织学进行鉴别。

在病理组织学上将原发性硬化性胆管炎分为4期。

1、Ⅰ期

即门静脉期，炎症改变仅仅局限在肝门区，包括淋巴细胞浸润，有时为嗜中性粒细胞向胆管浸润，胆管上皮变性坏死等，可以有不同侧重的表现，还可以出现胆管上皮的血管化和胆管增生。

2、Ⅱ期

即门静脉周围期，病变发展到肝门周围实质的炎症性改变，出现肝细胞坏死、胆管稀疏和门静脉周围纤维化。

3、Ⅲ期

即纤维间隔形成期，纤维化及纤维间隔形成及（或）桥接状坏死，肝实质还表现为胆汁性或纤维化所致的碎屑样坏死，伴有铜沉积、胆管严重受损或消失。

4、Ⅳ期

即肝硬化期，出现胆汁