医生会先询问症状、病史，特别是鸟粪的暴露史，通过体格检查初步判断肺内情况，并进一步通过血常规、痰培养、胸部X线等检查诊断。活检肺组织检出或培养出隐球菌是确诊本病主要依据，在诊断过程中，医生需排除肺炎、肺结核、肺肿瘤等疾病。

诊断依据

1、病史

（1）鸟粪，特别是鸽粪的暴露史。没有暴露史不能排除本病的可能。

（2）有严重基础疾病和免疫抑制等因素。

2、临床表现

（1）轻者可见无症状或低热、乏力和体重减轻等慢性消耗症状，以及咳嗽、粘液痰和胸痛。

（2）重者可见高热、呼吸困难、口唇、指甲等皮肤粘膜青紫。

3、辅助检查

（1）血液和胸腔积液涂片或培养找到隐球菌是本病的临床诊断依据。

（2）血清隐球菌荚膜抗原阳性是本病确诊的重要依据。

（3）肺组织活检找到隐球菌是本病的诊断的“金标准”。

（4）胸部X线检查显示肺中有局限性病灶。

鉴别诊断

1、肺炎

二者均可见为咳嗽、咳痰、胸痛、发热等肺部感染症状。肺炎是细菌、病毒引起的感染性肺实质病变，可见铁锈色痰、咯血，肺隐球菌病是真菌引起的感染性病变。二者可以通过体格检查、血清学检查、胸部X线检查鉴别。

2、肺结核

二者均可见咳嗽咳痰、胸痛、呼吸困难等呼吸道症状和发热、疲乏等全身症状。结核病是结核分枝杆菌引起的慢性传染病，可见咯血、盗汗等症状，肺隐球菌病是新型隐球菌引起的慢性传染病。二者可以通过痰涂片抗酸染色及痰培养鉴别。

3、肺肿瘤

二者胸部X线均可见肺部结节影。肺肿瘤是肺部的良性或恶性肿瘤病变，多无急性感染中毒症状，有时痰中带血，肺隐球菌病是感染性疾病。二者可通过肺组织活检鉴别。

基于本病临床表现分类分为无症状型、轻微症状型、急性重症型。