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病因尚不完全明确，以下内外因素都可能引起纵隔子宫：
1、内部因素：主要与遗传基因有关，常染色体隐性基因、多基因都可能引起本病，如Homebox、Wnt基因缺乏可造成中肾旁管融合、吸收障碍。
2、外部因素：应用药物是重要因素，激素类药物多见，如妊娠期应用己烯雌酚。子宫是由胚胎期两侧中肾旁管之间的隔融合，融合的双侧副中肾管中间的隔膜吸收、退化，从而形成正常的子宫腔。在此发育过程中，各种因素导致两侧中肾旁管融合后，纵隔未能完全吸收，即形成不同程度的子宫纵隔。
