部分皮肤囊肿病因不明，部分皮肤囊肿的出现与先天发育异常、遗传性因素有关。明确皮肤囊肿的类型，对本症状的治疗有一定的指导意义。

1、先天性遗传性

（1）毛根鞘囊肿：过去叫皮脂腺囊肿，属常染色体显性遗传。

（2）多发性脂囊瘤：为常染色体显性遗传。

（3）皮样囊肿：为先天性，生后即有。

（4）支气管源性与甲状腺舌骨导管囊肿：为先天发育不良异常所致。

（5）阴茎中线囊肿：为先天发育异常所致。

（6）发疹性毳毛囊肿：病因不清，有的报告认为属常染色体显性遗传。

2、原因不明性

（1）黏液样囊肿。

（2）粟丘疹：原发型粟丘疹与遗传因素有关，从新生儿期开始发生，由未发育的皮脂腺或矗毛漏斗部下端的上皮所形成。继发型粟丘疹与多种皮肤损伤有关，可发生于擦伤、搔抓部位、严重烧伤等外伤，可见于皮肤卟啉症、大疱性表皮松解症、毛囊粘蛋白病、硬化性苔藓等，有的患者继发于放射治疗后、皮肤磨削、化学剥脱、皮肤局部类固醇激素治疗和药物不良反应（如解热镇痛药）。

（3）表皮囊肿：原因不明。