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本病的潜伏期为2天至26天不等，以2周多见。起病突然或隐匿，呈暴发性或迁延性，根据感染部位不同，其临床表现有所不同。肠阿米巴病可有腹痛、腹泻等症状；肠外阿米巴病可引起肝、肺、脑等部位发生脓肿。
典型症状
1、肠阿米巴病
肠阿米巴病多发于盲肠和升结肠，其次为乙状结肠、直肠和阑尾，有时可累及回肠。临床上可分为急性期和慢性期。
（1）急性肠阿米巴病：症状从轻度、间歇性腹泻到暴发性、致死性痢疾表现不等。典型的阿米巴痢疾表现为一天腹泻数次至数十次，排果酱色、腥臭味粪便，称“血中带脓”，大多数患者有局限性腹痛、腹胀、里急后重、厌食、恶心、呕吐等症状。急性暴发性痢疾多见于儿童，可出现大量的黏液血便、发热、低血压、广泛性腹痛、强烈而持续的里急后重、恶心、呕吐、腹水等症状和体征。
（2）慢性肠阿米巴病：主要表现为间歇性腹泻，或与便秘交替出现，大便呈黄糊状，恶臭，可带少量黏液及血液，同时伴有腹痛、腹胀和体重下降。病程可持续1年以上，甚至达5年之久。有些患者出现肠阿米巴肿，呈团块状损伤。
2、肠外阿米巴病
溶组织内阿米巴滋养体可经血行播散到其他组织和器官，如肝、肺、脑等，引起肠外阿米巴病，其中以阿米巴性肝脓肿最常见。
（1）阿米巴性肝脓肿：患者常有右上腹痛并可向右肩放射，出现发热、肝大伴触痛，以及寒战、盗汗、厌食和体重下降等全身表现，少数患者可出现黄疸。
（2）肺阿米巴病：常发生于右肺下叶，常由肝脓肿穿破膈肌而继发。患者有胸痛、发热、咳嗽等表现，形成肺支气管瘘后则咳巧克力酱样痰。若脓肿破入胸腔，则出现脓胸。
（3）脑脓肿：多为中枢皮质的单一脓肿，绝大多数脑脓肿患者合并肝脓肿，有头痛、呕吐、眩晕、精神异常等表现。阿米巴脑脓肿病程进展迅速，如不及时治疗，病死率较高。
（4）皮肤阿米巴病：较少见，常由直肠病灶播散到会阴部引起，继而播散到阴茎、阴道甚至子宫。
并发症
常见的并发症包括急性肠穿孔伴继发细菌性腹膜炎、肠出血、肠道狭窄梗阻、阑尾炎和中毒性巨肠症等。
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