肠系膜囊肿发病原因可能是先天性的淋巴管壁发育不良使淋巴管呈瘤样改变。也有后天性的原因，如腹部外伤、炎症、手术导致淋巴管粘连、阻塞、淋巴液流动不畅、淤滞形成囊肿。另外，还有属于肠系膜新生物，如肿瘤性的囊性淋巴管瘤、海绵状淋巴管瘤以及寄生虫性的包虫囊肿、肺吸虫囊肿等。

1、先天性胚胎发育异常

小肠系膜囊肿的发病原因有两种解释，一是认为在胚胎期肠道发育过程中，可有多个憩室样芽生出现，随后又逐渐消失，如果某个或（多个）憩室样芽生残留，脱离肠道并被包被在肠系膜两叶之间逐渐长大，则可形成肠系膜囊肿，这类肠系膜囊肿的内壁往往被覆有肠道的黏膜上皮，故也称肠源性囊肿或肠囊瘤。二是认为先天性淋巴管壁的发育不良可引起淋巴管的局限性膨大而形成囊肿，这种囊肿又可称为乳糜囊肿或肠系膜囊性淋巴管瘤。

2、腹部外伤或手术创伤所致

腹部外伤或手术创伤后，如果肠系膜淋巴管、乳糜管破裂淋巴液外溢被纤维组织包裹或肠系膜组织发生出血、血肿机化包裹即可形成囊肿；也可能是淋巴液瘀滞在因创伤裂开的两叶肠系膜之间，逐渐长大而形成囊肿。

3、肿瘤性或新生物性

此型有良、恶性之分，主要是肠系膜的各种良性与恶性肿瘤所形成的囊性包块，良性的有由于淋巴管增生而形成的囊性淋巴管瘤，比较常见，恶性的有呈囊肿样表现的淋巴管内皮瘤，其恶性程度较低。

4、感染性因素或退行性变所致

感染性囊肿以结核性囊肿最多见，主要是肠系膜淋巴结结核液化所致，其次有真菌性和寄生虫性囊肿，比如细粒棘球蚴绦虫虫卵进入人体胃肠道内、孵出六钩蚴，经门静脉血流进入肝，再到肺部，引起肝、肺包虫囊肿。但如果六钩蚴经门静脉入血后再经血流到肠系膜则可形成继发性肠系膜包虫囊肿，或六钩蚴不经过门静脉进入肝而是进入肠系膜淋巴管直接形成肠系膜包虫囊肿。肠系膜淋巴结的退行性变也可形成囊肿。