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治疗原则
肠系膜囊肿最有效的治疗是手术治疗，手术当中尽量将囊肿全部切除，否则日后容易复发。小的肠系膜非肿瘤性囊肿无须治疗，若肠系膜囊肿增大引起临床症状或不排除肿瘤可能性者则需手术治疗。
手术治疗
1、囊肿剔除
本手术方式为最理想的手术方式，在不影响肠管血供的情况下，应力争施行本手术。
2、囊肿、肠管切除加肠管端端吻合
由于多数肠系膜囊肿与肠管甚为靠近，单纯剜出常常是不可能的，必须将囊肿与相连的肠管一并切除，然后再做肠管端端吻合。在囊肿引起肠梗阻或肠坏死时，也需进行整块肠管的切除。
3、囊肿与肠腔吻合或袋形缝合
若囊肿巨大，或因囊肿位于肠系膜根部，切除时有伤及大血管的可能，则可考虑囊肿与肠腔吻合或做袋形缝合。但有复发、感染及癌变的危险，一般不采用。
4、囊肿部分切除
如果巨大囊肿与邻近重要器官或血管粘连紧密无法全部切除时，可行囊肿部分切除术，剩余部分囊壁完全裸露在腹腔，或采用3%碘酒涂拭残留的囊壁内膜以减少其分泌。
5、腹腔镜手术
腹腔镜技术现已比较成熟，除可用于肠系膜囊肿的诊断外，还可在腹腔镜下进行手术治疗，并且具有创伤小、愈合快等优点，但对复杂的手术尚有困难，需选择合适的病例进行。对于较小的囊肿不与肠管和（或）大血管粘连者可以在镜下予以剔除，对于巨大囊肿或多发囊肿可行开窗引流或部分囊壁切除，使之与腹腔沟通。
腹痛如果确诊是肠系膜囊肿，必须要进行手术，对于这种疾病通过中医保守治疗一般是没有效果的。对于这种肠系膜囊肿，建议到正规医院进行手术切除，没有保守治疗的方法，无论是中药还是西药，通过口服药物都不会产生很好的效果，对于这样的疾病是没有治疗作用的，避免延误病情。
部分功能性囊肿如黄体囊肿、滤泡囊肿可能通过药物治疗消失，而一些病理性囊肿，如巧克力囊肿、畸胎瘤等，药物治疗通常难以使其完全消失。1.功能性囊肿：是由于卵巢的正常生理周期变化形成，一般直径较小，多在5厘米以下，通常会在1-3个月经周期内自行消退，服用短效避孕药等药物，调节体内激素水平，可促进囊肿更快消失。2.病理性囊肿：是卵巢组织异常增生形成，如巧克力囊肿由子宫内膜异位到卵巢引起，畸胎瘤由生殖细胞异常分化导致，这些囊肿结构较为复杂，药物很难从根本上消除病灶，往往需要手术干预才能去除
