原发性小肠溃疡患者的临床症状和体征无明显特异性，无法作为该病症的诊断依据。目前主要通过小肠镜和小肠黏膜活组织病理检查对原发性小肠溃疡进行鉴别、诊断。小肠镜诊断能够直接观察到被检部位的真实情况，是原发性小肠溃疡诊断的关键。在诊断过程中，医生需排除其他各种常见的引起小肠溃疡的疾病、肠道感染等疾病。
诊断依据
1、病史
部分患者有服用非甾体类固醇药物药物或肠溶性氯化钾片的病史，其服用时间多在3-4个月以上。
2、症状
（1）腹胀、嗳气、恶心、呕吐、肠鸣、脐周阵发性腹痛。
（2）并发肠梗阻时可有腹痛、呕吐、腹胀、肛门停止排气排便等症状。并发急性肠穿孔时可突然发生剧烈腹痛，少数患者还可伴有恶心、呕吐、腹胀、便秘、面色苍白、大汗的症状。并发大量出血时可有呕血和黑便，短时间内大量出血可有头晕、心悸、晕厥等症状。
3、体征
一般原发性小肠溃疡患者常无明显的体征，并发出血时可能存在面色惨白等体征。并发肠梗阻或急性肠穿孔时可能存在肠型和蠕动波，腹部压痛、反跳痛、肌紧张，肝浊音界缩小或消失等体征。
4、辅助检查
（1）实验室检查
①血液中血红蛋白含量下降。
②大便潜血阳性。
（2）影像学检查
确诊原发性小肠溃疡依靠小肠镜和小肠黏膜活组织病理检查，若发现有小肠溃疡且排除其他各种常见的引起小肠溃疡的疾病后即可确诊。X线检查一般对小肠溃疡本身的诊断无帮助，但在出现小肠梗阻或急性穿孔时，可见到有关的阳性发现。
鉴别诊断
1、消化性溃疡
消化性溃疡是指发生在胃和十二指肠的溃疡，主要包括胃溃疡和十二指肠溃疡。典型消化性溃疡可见慢性、周期性、节律性上腹部疼痛，可进食或服用相关药物缓解。消化性溃疡还有其他胃肠道症状如嗳气、反酸、胸骨后烧灼感、上腹饱胀、恶心、呕吐、便秘等。消化性溃疡与原发性小肠溃疡症状类似，通过内镜检查可鉴别。患者有反复发作的消化性溃疡症状而胃镜和X线钡餐检查未发现胃和十二指肠溃疡，应高度怀疑为原发性小肠溃疡。
2、其他各种常见的引起小肠溃疡的疾病
（1）孤立性小肠溃疡：既可由长期口服肠溶性氯化钾片引起，也可由于系统性红斑狼疮、结节性多发性关节炎、类风湿性关节炎、血液病、肉芽肿性疾病、创伤、感染、白塞氏综合征、肿瘤及肠结核等疾病引起，通过原发疾病的症状及辅助检查可鉴别。
（2）弥漫性小肠溃疡：空肠和回肠的弥漫性溃疡可见于谷胶敏感性肠病（口炎性腹泻）、淋巴瘤、特发性慢性溃疡性肠炎、嗜酸细胞增多症、胃肠炎等疾病，通过原发疾病的症状及辅助检查可鉴别。
3、肠道感染
（1）细菌性痢疾：细菌性痢疾由志贺菌属引起，腹泻以脓血或粘液状大便较常见，量少，并常伴有里急后重，多有寒热。粪便镜检可发现大量脓细胞、红细胞和吞噬细胞。婴幼儿中毒型菌痢或非典型菌痢可以应用病原学诊断来鉴别。
（2）霍乱：霍乱弧菌引起感染后，先发生剧烈的腹泻而后呕吐，但恶心少见，呕吐物及腹泻大便呈米泔水样，量多，无里急后重，少数患者有少量血便。脱水重者常引起肌肉痛性痉挛，皮肤皱瘪，体表温度低于正常，镜检可发现活动极活跃的弧菌，可作进一步细菌培养鉴别。
（3）副溶血弧菌性食物中毒：由副溶血性弧菌引起，主要因进食被副溶血性弧菌污染的食物（多于海产品有关），起病急骤，先以畏寒、阵发性腹痛（上腹部绞痛）开始，相继呕吐腹泻，多呈水样便或血水样便，多为同餐者先后发病，可进行细菌培养鉴别。
（4）沙门菌食物中毒：是由于进食被鼠伤寒沙门菌污染的食物引起。起病急骤，常伴有寒热、腹痛、气胀、恶心、呕吐、腹泻，呈水样便并有恶臭，早期出现菌血症。多有同餐者集体发病。可依靠病原学、血清学诊断进行鉴别。
（5）病毒性腹泻：有肠道病毒感染引起的腹泻，其特点是高度传染性。轮状病毒、小圆病毒等感染早期有呕吐，相继腹泻，多呈水样便并有黏液，多发生在秋冬季。其他病毒性腹泻多见于夏秋季，除有恶心呕吐等消化道症状外，常伴有呼吸道症状如咽炎等，并发轻瘫，常累及颈肌、背肌。周岁内小儿多见有绿色水样便或蛋花样水便。抗生素治疗一般无效，多在5-7天内自愈，用血清学及病毒分离可进行鉴别。
（6）空肠弯曲菌性肠炎：是由空肠弯曲菌引起的疾病。轻症与病毒性肠炎相似，重症与溃疡性结肠炎或克罗恩病相似。可出现发热、腹泻水样或黏液样便，有恶臭且呈胆汁色，重症有脓血便，类似细菌性痢疾者多在1周左右恢复。儿童患者常有腹绞痛，高热时可发生惊厥。发病多与接触家禽、家畜或饮用未消毒牛奶、生水有关。高倍视野镜检可发现射箭样活泼动力的弯曲菌，可作细菌培养进行鉴别。
（7）耶尔森菌肠炎：多见于儿童发病，与食物、水污染有关。可出现腹痛、腹泻、低热，呈水样便，可有败血症，可并发结节红斑、假性阑尾炎、关节炎。细菌培养可进一步鉴别。其他应注意与贾第鞭毛虫、阿米巴痢疾引起的腹泻鉴别，粪便镜检可发现阿米巴原虫或贾第鞭毛虫。
