引起性交疼痛的病因很多，包括心理因素、器质性病变等。女性性交痛的器质性原因包括一些妇科疾病（如子宫内膜异位症、盆腔感染、阴道炎等）、泌尿系统疾病（如尿道炎、膀胱炎等）等。男性性交痛多由于生殖器官的炎症、瘢痕等引起。

1、心理因素

（1）性知识缺乏、缺乏经验，包括缺乏适当的性刺激，选择的场合和时间不适宜等。

（2）焦虑、抑郁、畏惧、自卑、体象障碍、性虐待或创伤史等。

（3）社会因素，如伴侣间不信任、交流差，夫妻关系不和谐等。

2、女性性交痛器质性病因

（1）阴道润滑不足：见于萎缩性阴道炎（老年性阴道炎）、放射性阴道炎、糖尿病或长期服用某些能减少阴道分泌物的药物，如抗组胺类药物等。

（2）生殖器类疾患：如外阴炎、阴蒂神经炎、尖锐湿疣、疱疹性生殖器炎、外阴皮肤病、前庭大腺囊肿、阴道脓肿、子宫肌炎、宫颈炎（疼痛少见）、子宫内膜异位症、盆腔淤血综合征、盆腔感染等。

（3）生殖器发育异常：如阴蒂包皮过长、处女膜坚韧增厚、阴道中隔、阴道横隔、阴道口狭窄等。

（4）生殖器损伤：如处女膜损伤，前庭黏膜损伤，或外阴、会阴手术愈合不良等。

（5）尿路及肛门直肠病变：如尿道炎、尿道肉阜（又称尿道血管性息肉、尿道肉芽肿）、尿道膨出、膀胱炎、感染性肛门直肠炎症或痔疮等。

3、男性性交痛病因

（1）阴茎畸形，如阴茎外伤、手术后变形，阴茎头、冠状沟等处的炎性溃疡愈合之后留下的瘢痕，都可能使勃起后的阴茎呈弓形改变，性生活过程中可以牵引其瘢痕或变形部位而引起疼痛。严重的畸形可请外科医生选择性地行矫正手术，较轻的则可探索体位或适宜的力量变化而减轻疼痛。

（2）包茎或包皮过长引起的疼痛易见于自身污垢、尿盐积存的冠状沟等部位，因刺激阴茎及包皮内面发炎或过敏所致。亦可见于性生活后男子未能翻转包皮进行清洗，使妻子阴道内的分泌物如白带等滞留在已变软的阴茎之包皮内，刺激其发炎，出现湿疹。

（3）性生活时间过长、次数过频或性生活中用力过猛，可损伤细薄而又布满丰富的血管、神经的阴茎皮肤，从而引起疼痛。

（4）对某些避孕药具（如避孕套、避孕药膏、药膜等）过敏。

（5）射精困难患者在性生活中已完成了性反应过程中的兴奋期，又不能射精使性生活过程全部完成，可能是由于阴茎及盆腔器官的持续充血，引起下腹部疼痛而牵引睾丸和阴囊的疼痛。

4、混合性因素

上述心理性或器质性因素既可单独起作用，也可存在共同影响和相互作用。