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GHD病因复杂多样，大部分患儿属于特发性生长激素缺乏症，由于下丘脑或垂体功能障碍，导致生长激素合成或分泌不足，或由于生长激素结构异常或受体缺陷，导致生长发育障碍。
1、特发性病因不明。可能由于下丘脑-垂体功能或结构的异常，导致生长激素（GH）分泌不足。
2、获得性（继发性）本病可继发于下丘脑-垂体肿瘤，如颅咽管瘤、Rathke囊肿、生殖细胞肿瘤、垂体瘤；颅内感染（脑炎、脑膜炎）及肉芽肿病变；创伤、放射损伤等均可影响下丘脑-腺垂体的结构和功能，引起继发性生长激素缺乏症。
3、遗传性分子生物学研究已明确某些病人存在决定下丘脑-垂体发育的转录因子的基因突变，或GHRH受体基因的突变，或GH基因缺失/突变。转录因子突变多表现为复合性垂体激素缺乏，如GH、催乳素（PRL）、促甲状腺激素（TSH）、促性腺激素。
