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根尖囊肿通常是由先前存在的根尖肉芽肿转化而来，当牙髓的炎症和坏死产物溢出到根尖组织，会产生炎症反应。炎症反应导致该区原本处于静止状态的上皮出现增殖。随着上皮细胞团的增长，位于中央的细胞逐渐缺乏血液的营养供应而坏死，最终形成根尖囊肿。细菌感染、口腔颌面部外伤、口腔治疗不当（如根管治疗过程中药物使用不当）、牙根尖免疫反应等均可引发根尖囊肿的发生。
基本病因
1、细菌感染
细菌通过感染的根管等途径进入根尖周组织引起病变，最终形成囊肿。当细菌、药物等进入根尖周组织，引起根尖周组织免疫应答，引起根尖囊肿。
2、化学因素
根管治疗过程中药物使用不当，如牙髓失活剂放置时间过长等原因，引起根尖周组织的化学性炎症，未做适当处理发展为根尖囊肿。
3、创伤因素
交通事故、摔跤导致牙齿被猛烈碰撞、牙齿排列不齐等原因，都可造成根尖囊肿。
危险因素
1、口腔牙齿既往有外伤，或者有龋齿但未及时治疗。
2、免疫力低下的人群。
