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腹腔感染主要由细菌感染引起，不同类型的腹腔感染主要的病原体也不完全相同。通常为肠杆菌科细菌、肠球菌属和拟杆菌属等厌氧菌的混合感染。
1、原发性腹膜炎90%以上是由单一细菌引起。最常见的致病菌是革兰阴性杆菌，其次是肺炎链球菌占15%。
2、继发性腹膜炎多由空腔脏器穿孔或坏死或细菌在腹腔内播散引起。在上消化道以肠杆菌科细菌为主；下消化道穿孔或破裂，细菌污染较为严重，包含厌氧菌（主要是脆弱类杆菌）的混合感染多见。
3、第三类型腹膜炎致病菌多为耐药菌，可为肠球菌、白色念珠菌、表皮葡萄球菌和铜绿假单胞菌与鲍曼不动杆菌以及真菌。
4、膈下和上腹部的腹腔脓肿主要以肠道杆菌为主；下腹部和盆腔脓肿则主要是厌氧脆弱类杆菌和需氧肠道杆菌，也有其他类杆菌和梭状芽胞杆菌。
