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外用药物：常用的有水杨酸、维A酸类药物、5%氟尿嘧啶软膏、5%咪喹莫特霜、3%酞丁胺霜、3%酞丁胺二甲基亚矾溶液等。
系统药物治疗：目前尚无有效的抗HPV病毒药物，可选择试用免疫调节剂，如干扰素、左旋咪唑等。
局部注射：在疣体根部注射药物，如平阳霉素、博来霉素、干扰素、聚肌胞注射液等。
物理治疗：皮损数目较少者可采用冷冻、电灼、激光、红外凝固治疗等有效方法进行治疗。
光动力治疗：局部使用光敏剂如氨基酮戊酸，经光照后选择性引起局部炎症及被感染的细胞死亡，可治疗部分趾疣。
脚趾头有跖疣的情况，出现水泡以后如果没有感染，也可以不用抗生素，但是局部要进行消毒处理，防止局部感染，如果有可疑感染情况，也需要考虑使用抗生素治疗，最好是到医院的皮肤科做激光治疗或手术治疗处理掉跖疣的情况，能彻底治愈跖疣，不再复发，药物治疗可能容易复发。
