根据患者症状、体征、体格及辅助检查可进行诊断。一般检查包括血常规，病原学检测，同时应注意与急性传染病如手足口病、水痘、疱疹性口炎等前驱症状相鉴别。

1.疱疹性咽峡炎

一般选择咽拭子、粪便或血液培养等检查，符合以下一项就可诊断：

1)肠道病毒特异性核酸呈阳性结果；

2)粪便分离出肠道病毒；

3)急性期检测血清肠道病毒IgM抗体呈阳性结果；

4)恢复期血清肠道病毒IgG抗体滴度是急性期的4倍及以上增高。

2.樊尚咽峡炎

症状：咽部症状明显，拭去假膜后可见下面有溃疡；

实验室检查：

①咽涂片：有梭形杆菌及樊尚螺旋体；

②血液检查：白细胞稍增多。

3.传染性单核细胞增多症性咽峡炎。

（1）症状：咽部症状较轻，全身症状较重，扁桃体表面可覆有假膜形成，易擦去。

（2）实验室检查

①咽拭子找到EB病毒可确诊；

②血液检查：发现EB病毒呈阳性结果、异常淋巴细胞、单核细胞增多，血清嗜异性凝集试验（+）。

4.粒细胞缺乏症性咽峡炎

1)症状：咽部表现各异，扁桃体可有坏死性溃疡，被覆深褐色假膜，周围组织苍白、缺血。

2)实验室检查：血液检查：白细胞明显减少，中性粒细胞锐减甚至消失。。骨髓检查一般呈中度增生不良，粒细胞减少。

5.白血病性咽峡炎

（1）症状：可无咽痛，早期可出现全身性出血，一侧扁桃体浸润肿大，可见其表面坏死，覆有灰白色假膜，常伴口腔黏膜肿胀、溃疡甚至坏死。

（2）实验室检查：血液检查：白细胞增多，原始白细胞和幼稚白细胞占主要比例。

一般可分为1.疱疹性咽峡炎；2.樊尚咽峡炎；3.单核细胞增多症性咽峡炎；4.粒细胞缺乏症性咽峡炎；5.白血病性咽峡炎。