原发性腘窝囊肿病因尚不明确，对于继发性腘窝囊肿，一般由于半月板损伤、关节软骨退变、滑膜炎等关节疾病相关。
骨科 马鞍山市人民医院
腘窝囊肿可能是由于经常从事剧烈的活动，或者是长时间的久站久坐引起的，如果长时间的走路，也会导致局部出现劳损，从而形成腘窝囊肿。腘窝囊肿可能会导致膝关节后侧或者是后内侧出现疼痛的情况，而且还会伴有憋胀感以及关节僵硬，严重者会导致下肢静脉注射，从而引起下肢水肿。
普通外科 安徽医科大学附属巢湖医院
腘窝囊肿可以分为先天性和后天性两种。先天性的多见于儿童。后天性的腘窝囊肿，主要是因为滑囊本身的疾病，比如慢性无菌性炎症所引起的。有的患者是并发于慢性膝关节的病变，老年人它的发病原因大多数与膝关节的病变，比如骨性的关节炎以及半月板的损伤有关。腘窝囊肿如果比较小没有症状，可以定期复查。如果比较大伴有神经血管的压迫，建议行手术治疗，手术需要将囊肿完整的切除。
通常情况下腘窝囊肿不需要做特殊治疗，日常注意休息，避免长时间的站立行走，不要负重劳动，做好患处保暖，避免受寒，适当的热敷按摩患处，必要时考虑穿刺抽取积液，一旦出现囊肿变大，压迫神经，建议最好是配合医生进行积极的手术切除，保持积极的心态，不要压力过大。
部分功能性囊肿如黄体囊肿、滤泡囊肿可能通过药物治疗消失，而一些病理性囊肿，如巧克力囊肿、畸胎瘤等，药物治疗通常难以使其完全消失。1.功能性囊肿：是由于卵巢的正常生理周期变化形成，一般直径较小，多在5厘米以下，通常会在1-3个月经周期内自行消退，服用短效避孕药等药物，调节体内激素水平，可促进囊肿更快消失。2.病理性囊肿：是卵巢组织异常增生形成，如巧克力囊肿由子宫内膜异位到卵巢引起，畸胎瘤由生殖细胞异常分化导致，这些囊肿结构较为复杂，药物很难从根本上消除病灶，往往需要手术干预才能去除
