AFLP的发病机制尚不十分清楚，但在初产妇、双胎及多胎妊娠时AFLP发病风险增加。胎儿性别为男性时，AFLP的发生风险增高3倍。此外，病毒感染、药物（如四环素）、遗传因素、营养不良等均有可能通过损害线粒体脂肪酸氧化使AFLP发生风险增高。

1、胎儿脂肪酸代谢障碍研究显示，存在胎儿线粒体脂肪酸氧化障碍的胎儿的母亲易患AFLP。

2、性激素妊娠对脂肪酸β-氧化作用的影响与雌激素类物质有关。脂肪酸β氧化的损害可引起微血管代谢紊乱，使甘油三酯在肝细胞内及其他脏器内迅速堆积。妊娠是以产生大量雌、孕激素为特征，故AFLP有可能是因妊娠对脂肪酸代谢发生影响所致；加之妊娠时肝内糖原的储备减少，更有利于脂肪沉着在肝细胞内。

3、药物药物（如四环素）、毒物和感染等因素可引起肝脏脂肪样变性。

4、免疫机制有研究认为AFLP可能与Fas系统的免疫调节密切相关。AFLP时肝细胞膜上Fas抗原强烈表达，使肝细胞大量凋亡，引起一系列组织学改变，包括肝内胆汁淤积急性胆小管炎和肝细胞坏死，导致肝脏功能损害，严重者出现肝功能衰竭，发生相应的病生理变化。

5、其他机制有学者认为产前子痫、HELLP综合征和AFLP可能为疾病从轻微到严重以致威胁生命的多系统功能障碍的谱系改变。AFLP患者中双胎、多胎更为常见，双胎、多胎母亲血小板计数下降及抗凝血酶活性增高明显，两者均有肝酶升高危险倾向，故更易于发生HELLP综合征、AFLP等病症。