畸形精子症即精液中畸形精子超过96%，本病病因较为复杂，主要与感染、精索静脉曲张、环境、遗传、药物、物理、吸烟及微量元素缺乏等多种因素有关。

1、感染因素

生殖道和生殖腺体的病原微生物感染均可造成精子畸形率高，其感染后可通过直接和间接的方式对精子的形态、运动和受精功能等造成影响，导致男性畸形精子症，甚至不育。

2、精索静脉曲张因素

精索静脉曲张除了影响精子的发生和运动功能外还可造成非成熟状态精子以及圆头精子数目增加，畸形精子比率增高。这主要是睾丸的血液循环异常改变所引起，血液滞留、局部温度升高、加之供养和必需营养物质缺乏，代谢产物的淤积使生精小管中的精子发生、发育以及数目减少，精子在附睾中的成熟过程都出现异常变化。

3、环境因素

主要包括金属、杀虫剂等，前者有硼、镉、铬、铅、锰、汞等金属和微量元素，这都是已明确认为具有生殖毒性能导致精子数量减少和精子畸形增加的几种元素。后者有苯氧羟酸类农药、有机汞农药、有机磷农药，已知这些农药均可引起精子畸形率增加，数目减少，活力下降。除了上述化学物质外，木尘、苯乙烯、丁乙烯、氧化乙烯、环氧氦丙烷都可以引起生殖系统的损伤。

4、遗传因素

对那些病因不明而精液中畸形精子异常高的不育男性应考虑有遗传性疾病的可能。

5、药物因素

长期应用或大剂量使用皮质类固醇、雄激素、雌激素和促性腺激素，肿瘤患者使用烷化剂（如环磷酰胺）、抗代谢类药物（如阿糖胞甙和植物生物碱类（如长春新碱、长春碱）)，某些抗生素的药物等可造成精子数目少和畸形精子的比例增高。

6、物理因素

现在对生殖系统有影响的物理因素有辐射、电离温度、超声、电流和激光，这些物理因素通过直接和间接两种途径作用于睾丸和附睾导致精子数目减少、活动下降、畸形率增加。

7、其他因素

吸烟者异形精子明显高于不吸烟者，人和动物研究证实，酒精对精子数目、活动力、形态和受精力有明显损害；此外，微量元素、氨基酸和维生素缺乏也可导致畸形精子增加。