小儿消化不良的病因暂不明确，目前认为是多种因素共同作用的结果。主要影响因素包括饮食和环境、胃酸分泌、幽门螺旋杆菌感染、消化道运动功能异常、内脏感觉异常、心理因素以及其他胃肠功能紊乱性疾病等。

1、饮食与环境因素

小儿消化不良可能与饮食与环境因素有关，如喜欢喝含气饮料、咖啡，喜欢吃含酸性成分较多的水果（如柠檬）、油炸类食物，家庭居住拥挤，居住条件恶劣，社会经济状况差。

2、胃酸分泌

胃酸增加容易导致胃溃疡，进而引起消化不良。

3、幽门螺杆菌（HP）感染

容易导致十二指肠球部溃疡和慢性胃窦炎，从而引发小儿消化不良。

4、胃肠运动功能紊乱

饮食结构单一，喜欢吃高油脂、高糖食物，不喜欢吃水果、蔬菜；进食不规律，不按照每日三餐时间吃饭，喜欢吃夜宵；进食习惯不好，喜欢边玩边吃。这些不良饮食习惯都容易引起胃肠运动功能紊乱，从而导致消化不良。

5、内脏感觉异常

许多患者的胃肠道对生理或轻微有害刺激的感受异常或过于敏感，更容易产生饱胀不适感。因此，内脏感觉的异常在功能性消化不良中可能起到了一定作用。

6、心理社会因素

本病的发生与焦虑、抑郁、忧伤、愤怒等情绪有明显关系。

7、慢性胃炎与十二指肠炎

可通过神经、体液因素影响胃的运动功能，容易引起功能性消化不良。

8、其他胃肠功能紊乱性疾病

（1）胃食管反流性疾病（GERD）

研究发现，约有20%的功能性消化不良患者和反流性疾病有关。最近Sandlu等报告，20例小儿厌食中，12例（60%）有胃食管反流。因此，有充分的理由认为胃食管反流性疾病和某些功能性消化不良有关。

（2）吞气症

许多患者常下意识地吞入过量的空气，导致腹胀、饱胀和嗳气，这种情况也常继发于应激或焦虑。

（3）肠易激综合征（IBS）

功能性消化不良与其他胃肠道紊乱之间常常有许多重叠。约有1/3的IBS患者有消化不良症状；功能性消化不良患者中有IBS症状的比例也近似。