真菌性肠炎起病可急可缓。大多数患者表现为间断性、突发性腹泻，每日排便可达10次~20次，为黄色稀水便，有黏液，泡沫多，并有发霉气味，严重的甚至呈现脓血便，可同时伴有呕吐、低热、腹胀及腹痛。

典型症状

1、肠道念珠菌病

多在长期大量使用广谱抗生素、激素、免疫抑制剂后出现，表现为腹泻，黄色稀水样或豆腐渣样便、泡沫较多，有黏液。部分患者在肛门周围可见黄白色假膜。

2、毛霉菌肠炎

因摄入被真菌孢子污染的食物所致，好发于营养不良的儿童或有胃肠道慢性疾病的患者。可出现腹痛、腹泻、呕血和黑便，或肠穿孔导致腹膜炎，或侵入胃肠血管导致血行播散，病情发展快，病死率高。

3、组织胞浆菌病

临床表现为不规则发热，肝、脾和淋巴结大，皮肤及黏膜损害，白细胞减少。该病的小肠和结肠以溃疡性病变为主，也可发生出血和梗阻，与胃肠道其他溃疡病变或肿瘤相似。结肠病变表现可酷似结肠癌或慢性结肠炎，伴有黏膜息肉样变及慢性腹泻。

并发症

部分患者可发生真菌性毒血症及肠穿孔，病情严重时可危及患者生命。