医生首先会详细询问患者病史，尤其是性行为史，如果在近3个月来有新的性伴或有多个性伴， 则提示性传播感染的可能。之后了解相关症状、严重程度等，结合体格检查、实验室检查结果可做出诊断。

诊断依据

我国卫生部防疫司制订的非特异性尿道炎诊断标准为：1、病史及症状有不洁性行为史，有尿道分泌物和尿痛、排尿困难等症状。

2、体格检查有脓性或黏液脓性分泌物。

3、除外淋球菌性尿道炎尿道分泌物涂片革兰染色未见白细胞内外有革兰染色阴性双球菌，培养亦无淋球菌生长。

4、实验室检查尿道分泌物革兰染色，在1000倍显微镜视野下，多核白细胞数＞4个，或尿沉渣在高倍镜（400倍）视野下＞10个。非特异性尿道炎的诊断在排除淋病后，至少需要符合上述4条标准中的2条，才能作出初步诊断。有条件者，应做沙眼衣原体（CT）和解脲支原体（UU）的培养以确定诊断。

鉴别诊断

本病主要与淋菌性尿道炎进行鉴别。淋菌性尿道炎是由淋球菌所引起，潜伏期较短（3~5天），其尿痛程度比非特异性尿道炎剧烈。二者尿道分泌物的性状和量也不同，淋菌性尿道炎多为脓性分泌物，量多，多数病人稍挤压尿道就有脓流出，有些病人的脓液甚至会自动流出，而非特异性尿道炎分泌物多为浆液性或黏液脓性，较稀薄，分泌的量也少，需用力挤压尿道才有分泌物流出。尿道分泌物涂片每高倍镜下见到10个多核细胞，找到衣原体或支原体的包涵体，无细胞内革兰阴性双球菌，据此可与淋菌性尿道炎相鉴别。