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淋巴细胞减少症可由多种病因引起，主要分为遗传性病因，获得性病因和特发性CD4+T细胞减少症。
1、遗传性因素
先天性免疫缺陷病：常由免疫系统基因异常或先天性免疫系统发育障碍引起。如严重联合免疫缺陷病由于T、B细胞分化发育和成熟障碍导致淋巴细胞减少。共济失调毛细血管扩张症的患者淋巴系统发育异常，淋巴细胞数量减少。 Wiskott-Aldrich综合征（伴湿疹和血小板减少的免疫缺陷病）患者由于WAS蛋白基因缺陷，T细胞数目减少。嘌呤核苷磷酸化酶的缺乏可导致T细胞损害。
2、获得性因素
（1）血液系统疾病
如再生障碍性贫血、霍奇金淋巴瘤等。再生障碍性贫血患者骨髓造血功能异常，淋巴细胞产生不足。霍奇金淋巴瘤浸润骨髓导致淋巴细胞产生减少，脾亢进使淋巴细胞破坏增加。
（2）各种病原体引起的感染
在某些急性病毒血症的情况下，淋巴细胞可能由于病毒的活化作用而加速破坏，也可能陷于脾或淋巴结内或移行至呼吸道，导致血液中淋巴细胞数量减少。
①病毒感染：AIDS是最常见的伴淋巴细胞减少的传染性疾病，由CD4+ T细胞感染HIV病毒而被破坏引起。其他病毒如肝炎、流感、SARS、麻疹病毒等。
②细菌感染：如结核、伤寒、肺炎等。
③原虫感染：如疟疾等。
（3）医源性因素
①免疫抑制剂的应用，如阿仑单抗、类固醇等药物的应用。
②恶性肿瘤患者临床放疗，或应用细胞毒性药物化疗导致淋巴细胞的破坏。
③牛皮癣患者长期使用去斑素及超声辐射均可导致T细胞的破坏。
④透析治疗。
（4）自体免疫性疾病
如SLE、类风湿性关节炎、重症肌无力等。
（5）肠淋巴细胞的丧失
如肠道淋巴细胞扩张症、胸导管阻塞、肠淋巴管阻塞等。
（6）营养不良
如锌缺乏、酗酒、胃肠功能障碍。
（7）其他疾病
如肾衰、类肉瘤、热损伤、原发性骨髓纤维化、严重的急性胰腺炎、硅沉着病、丢失蛋白的肠病等。
3、特发性因素
特发性CD4+T细胞减少症，临床罕见，患者出现CD4+T细胞减少，但不存在HIV感染，且除外其他已知病因或治疗相关因素引起的免疫功能抑制。
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