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腰椎峡部裂发生的真正病因仍不十分明确，目前认为其是多因素如先天性、遗传性、疲劳性、创伤性等共同作用的结果，即先天发育薄弱、缺损的腰椎峡部经受了腰椎反复的屈伸、旋转运动后导致的一种疲劳性骨折。
1、先天性发育不良
有观点认为，本病与先天性发育不良有关。在正常情况下1~2岁左右椎弓开始联合或3~6岁后椎体与椎弓骨核融合时，椎弓没有联合，留下缝隙、缺口，则成为峡部裂。但是有研究认为峡部裂不属于先天性缺陷，因为新生儿中未发现腰椎峡部裂。
2、疲劳性因素
体操、举重、跳水、游泳等运动员更容易发生腰椎峡部裂，这与腰椎反复的压缩、伸展或旋转动作是密切相关的。
3、遗传因素
有人认为腰椎峡部裂具有常染色体显性遗传性，有待进一步研究证实。
