复发性口疮的病因目前尚不明确，通常认为是多种因素共同作用的结果。其中包括免疫因素、遗传因素、系统性疾病因素、精神因素等。

1、免疫因素

（1）细胞免疫异常：有很多研究报告表明T淋巴细胞及其亚群之间失衡介导了复发性口疮的发生。

（2）体液免疫异常和自身免疫：抗口腔黏膜抗体的存在和CIC、ADCC及棘细胞胞浆中发现的自身抗体都说明体液免疫和自身免疫反应是发病的危险因之一。

（3）免疫功能低下和免疫缺陷：有人证实患者的淋巴细胞对PHA和刀豆蛋白的反应在各个阶段都比健康人低下。

2、遗传因素

遗传物质的研究表明，复发性口疮有遗传倾向。

3、系统性疾病因素

流行病学调查发现患者的复发性口疮与消化道溃疡、溃疡性结肠炎、肝炎、肝硬化、胆道疾病有密切关系。

4、精神因素

许多研究表明，复发性口疮患者的发病都与精神因素有关，如情绪低落、重大刺激、生活工作压力大、过度疲劳、失眠等。