人体皮肤的汗腺分为小汗腺和顶泌汗腺（大汗腺），两者均可能引起臭汗症，但其发病机制略有差异。

1、小汗腺引起的臭汗症小汗腺几乎分布于全部皮肤部位，具有分泌汗液、排泄废物、调节体温的作用，一般分泌的汗液主要成分是水和盐，基本没有味道，但若汗液较多，表皮细菌分解汗液和皮肤表面污物，可能会有臭汗发生，以足趾和趾间常见。

2、顶泌汗腺引起的臭汗症顶泌汗腺主要分布于腋窝、脐窝、肛门四周及生殖器等处，分泌的汗液较黏稠，含有蛋白质和脂肪，正常情况下是无味的，但当细菌与分泌物中所含的有机物起作用后可能会产生特殊的臭味，一般引起局部臭汗症，最常见为腋臭。

3、其他一些代谢性疾病患者由于汗液含有的特殊物质具有特殊臭味，如苯丙酮尿症患者的汗液具有“霉”味或“鼠尿”味；一些患者服用药物或食用大蒜和生葱等后某些成分可由小汗腺随汗液排出而产生臭味，引起全身性臭汗症，如使用青霉素或溴剂的患者等。