本病由进食被细菌或细菌毒素污染的食物引起。食物被细菌或细菌毒素污染的原因较多，比如食物在加工、运输、储存等过程中被病原菌污染；存放时间过长导致细菌繁殖；加工过程中未能杀灭食物中原本的病原菌等。

1、胃肠型细菌性食物中毒

病原菌在污染的食物中繁殖，并产生毒素（肠毒素类物质或菌体裂解释放的内毒素）。进入人体内的细菌和毒素，可引起人体剧烈的胃肠道反应。发病与否及病情轻重与摄入食物被细菌和毒素污染的程度、进食量多少及人体抵抗力强弱等因素有关。致病因素有：

（1）肠毒素：肠毒素通过刺激肠壁上皮细胞，促进液体及氯离子分泌，抑制肠壁上皮细胞对钠和水分的吸收，导致腹泻。

（2）侵袭性损害：有些细菌，如沙门菌、副溶血性弧菌、变形杆菌等可对肠粘膜上皮细胞进行侵袭性损害，导致黏膜充血、水肿、溃疡。

（3）内毒素：沙门氏菌菌体裂解后可释放内毒素，其具有较强的致病性，症状主要表现为发热、胃炎、呕吐、腹泻等。

（4）过敏反应：莫根变形杆菌能引起过敏反应。但是因为细菌不侵入组织，所以其病理改变较轻，一般无炎症改变。

2、神经型细菌性食物中毒

肉毒毒素是一种嗜神经毒素，主要由上消化道吸收，胃酸和消化酶均不能将其破坏。肉毒毒素吸收后，主要作用于脑神经核，外周神经、肌肉接头处及自主神经末梢，使肌肉收缩运动障碍，发生软瘫。