颌骨囊肿的病因复杂，牙源性颌骨囊肿的发生与成牙组织或牙有关，面裂囊肿由胚胎发育过程中残留的上皮发展而来，非上皮性囊肿是由血外渗或是动脉瘤引起的。

1、牙源性囊肿

（1）根尖周囊肿：由于根尖部的肉芽肿，根尖慢性炎症的刺激而引起牙周膜内残余上皮增生，增生上皮因中央发生变性和液化，上皮沿着肉芽肿的液化腔壁增生，从而形成根尖周囊肿。

（2）始基囊肿：发生在成釉器发育的早期阶段，即在牙釉质和牙本质未成形之前发生。这阶段因受到炎症或其它原因，使成釉器的星网层发生变性和液化，渗出的液体潴留形成囊肿。

（3）含牙囊肿：釉质完全形成之后，在缩余上皮与牙冠之间有液体渗出和蓄积形成囊肿。故此，该囊肿内含有一颗牙。如果囊肿来自多个牙胚者，可发生多个含牙囊肿。

（4）角化囊肿：来自于牙板和牙板残余，也有人认为来自于口腔粘膜基底细胞之错构，世界卫生组织将其归于始基囊肿，但不能解释为什么其含牙率高达25%~43%。囊内的黄白色油脂样物与始基的清亮液体不同。因此，不少学者认为角化囊肿常表现为始基囊肿，但并非所有始基囊肿都是角化囊肿。

2、面裂囊肿

（1）球上颌囊肿：胚胎发育时，出球状突与上颌突之间联合缝处的残余上皮发展而来。

（2）鼻腭囊肿：由鼻腭管（切牙管）残余上皮发展而来。

（3）正中囊肿：囊肿发生在上颌骨和下颌骨正中央的联合缝内。由上颌左右腭鼻突联合时残留上皮而发生。

（4）鼻唇囊肿：胚胎时球状突、侧鼻突的上领突连接处残余上皮发展而成囊肿。

3、非上皮性囊肿

（1）血外渗性囊肿：损伤后引起骨髓内出血，机化渗出后而形成，与牙无关。

（2）动脉瘤性骨囊肿：外伤是致病原因之一。一般认为动脉瘤性骨囊肿是由于某种血循环紊乱，血液动力学改变，导致动静脉吻合，静脉压力增高，血管床扩张、充血，压迫破坏骨组织吸收所致。这种密质骨板内膜被吸收，形成所谓“内吸收”病变，外面有骨膜覆盖，骨膜外有一层新骨沉积，形成薄壳覆盖动脉瘤性骨囊肿。