儿童恐惧症的病因目前尚未完全明确，发病可能与多种因素有关，比如遗传因素、后天创伤、条件反射、血液生化改变、心理因素等。

儿童恐惧症的发病原因是多方面的，主要有下列几个方面。

1、遗传因素

家系调查，发现在恐惧症的近亲中，恐惧症的发生率较对照组高2～3倍，有家族史者其发病率明显高于无家族史者。

2、后天创伤

儿童在出生之后，由于种种原因，遭受过精神创伤后可反映出心理障碍。精神生活事件对某一神经质性格者可能成为扳机作用，诱发了恐惧症状，如听说某人患了癌症即怕“癌症”这个字眼。

3、条件反射

由于某些无害的事物或情境与令人害怕的刺激多次重叠出现，形成条件反射，因而获得了引起焦虑的性质，成为患者恐怖的对象。这种焦虑是一种不愉快的情感体验，促使患者采取某种行为去回避它，如果回避行为使患者的焦虑得到减轻或消除，便会成为一种强化因素，通过操作性条件反射，把这种行为本身固定下来并持续发展。

4、血液生化改变

约50%的儿童恐惧症患者，可在发病的同时，出现血浆肾上腺素含量升高，促使交感神经功能亢进。

5、心理因素

儿童恐惧症可因儿童个性脆弱、过分依赖、性格内向、胆小等心理因素引起。多数患儿是后天形成的，如幼时玩耍小猫，突然被猫咬了一口，以后见了猫就怕，甚至对带毛的东西（如猫的画片、毛茸茸的玩具）都怕。成人用动物作为惊吓小孩、使其听话的手段，同时，也是诱导儿童产生特定内容恐惧症的重要原因。先天遗传和后天环境还有交互作用，如小孩的母亲怕猫，小孩因经常模仿母亲的恐怖表现，而强化自己的恐惧感。