1、预防菌群失调症的关键在于合理使用抗生素，避免滥用或长期使用，可用可不用者不用，可用窄谱不用广谱。对年老体弱、慢性消耗性疾病者，使用抗生素或者激素时，要严格掌握适应证。最好作药物敏感试验，选择最敏感的抗生素。

2、在用抗生素的同时，可口服乳酶生和维生素。老幼病后衰弱者，用抗生素的同时，可口服乳酶生、维生素B族及维生素C等，以防肠道菌群失调。在大手术前，应注意配合全身支持疗法，如给予高营养、服维生素类药物及输血等。肠道菌群失调症状除引起严重吐泻脱水、失血、发生毒血症、甚至休克，预后较差外，一般预后良好。

3、关于正常肠道菌群的恢复，轻型病例停用抗生素后任其自行恢复即可。严重病例可口服乳酸杆菌制剂（如乳酶生、乳酸菌素片）、维生素C及乳糖、蜂蜜、麦芽糖等以扶植大肠杆菌；口服叶酸、复合维生素B、谷氨酸及维生素B12以扶植肠球菌；也可用健康成人粪滤液保留灌肠，以引入正常菌群。