根据患者的病史，肠道菌群失调的临床表现，如腹泻、腹胀、腹痛、腹部不适等症状及实验室依据可明确诊断。医生在诊断过程中需要排查白色念珠菌性肠道感染、葡萄球菌肠道感染、绿脓杆菌肠道感染等疾病。

诊断依据

1、粪便镜检球/杆菌比紊乱。

2、粪便培养中计算B/E值＜1。

3、粪便菌群涂片或培养中，非正常细菌明显增多，甚至占绝对优势。

上述1与2项可作为临床诊断依据，为诊断肠道菌群失调所必需条件，如在实验室检查中出现任何一项阳性即可基本诊断本病。如实验室检查出现阳性结果越多，则诊断越可靠。

鉴别诊断

肠道菌群失调常见的有以下几种类型，应注意鉴别。

1、葡萄球菌肠道感染

可排黄绿色稀便，每日3～20余次，伴有腹胀，腹痛一般不著，吐泻严重者可伴有脱水，电解质紊乱、血尿素氮升高、血压下降。

2、白色念珠菌肠道感染

一般多从上消化道开始，蔓延到小肠甚至肛周，鹅口疮常是白色念珠菌肠炎最早的信号，如小肠黏膜糜烂或溃疡可引起多次的无臭黏液脓性粪便，有时可呈水泻，伴有消化不良，如治疗不及时，可扩散至呼吸道、泌尿道甚至脑组织。

3、绿脓杆菌肠道感染

能产生蓝绿色荧光素使粪便带绿色，但并不经常引起腹泻，个别病例粪便中有粉一般腹痛轻，少数伴恶心、呕吐、多有水、电解质紊乱，重症可发生休克。