治疗原则

肠道菌群失调症的主要治疗原则为去除病因，积极治疗原发病。常有的治疗手段为药物治疗、手术治疗、对症支持治疗等。

对因治疗

如由于巨结肠、胆囊炎引起的肠球菌过度繁殖；维生素缺乏造成的肠球菌减少或消失；小肠蠕动过快而引起的酵母菌过多等，都必须先除去这些原因，然后再扶持正常菌群方能奏效。

对症治疗

对施行大手术患者，术前注意补充营养，也可肌内注射丙种球蛋白以提高机体免疫功能。有研究表明，溃疡性结肠炎患者肌内注射免疫球蛋白可使结肠内乳酸杆菌和双歧杆菌增加、某些条件致病菌减少。也可试用注射转移因子、免疫核糖核酸。

药物治疗

1、抗菌药物

立即停止原抗生素，应根据菌群分析以及抗菌药物敏感试验，选用合适的抗生素以及抑制过度繁殖的细菌，从而间接扶植肠道繁殖不足的细菌。此外，还可采用广谱抗菌药物将肠道细菌大部分消灭，然后再灌入正常肠道菌群的菌液以使其恢复。

2、活菌制剂

目前常用的活菌制剂有嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌、乳酸乳杆菌、芽孢乳杆菌、分叉乳杆菌、粪链球菌、大肠埃希菌、粪杆菌和枯草杆菌等。其中，分叉乳杆菌制剂疗效最好。枯草杆菌制剂疗效也较好，其疗效机制可能是由于该菌是需氧的，能吸收氧，降低肠腔氧化还原电位，支持厌氧菌（类杆菌、乳杆菌）生长，从而间接扶植正常菌群。还可以用正常人大便悬液故成复方活菌制剂用来治疗葡萄球菌引起的假膜性结肠炎，可收到较好的效果。用乳酸链球菌制成的乳酶生，临床广泛应用效果也好。使用肠道正常菌群中繁殖不足的耐药株做成制剂，以利于定值，也是调整肠道菌群失调的有效方法。目前，双歧杆菌活菌制剂的药理研究表明，该制剂具有屏障作用、控制内霉素血症作用、营养作用、抗肿瘤作用、免疫增强作用、抗衰老作用等。

3、菌群促进剂

口服菌群促进剂也可达到扶植正常菌群的目的，如用乳糖扶植肠杆菌、用叶酸扶植肠球菌，儿童常用分叉杆菌因子促进分叉乳杆菌生长。应用半乳糖苷-果酸，受细菌分解后形成乳酸或醋酸，使pH值降低，抑制其他细菌，而且也可以支持乳杆菌生长。

4、耐药性肠球菌制剂

有学者采用增厚传代培养法获得了耐链霉素、红霉素、四环素、氨苄西林的肠球菌-粪链球菌BIO-4R株。经动物实验和人体试验表明，本菌具有耐多种抗生素性，故能阻止其他菌群异常繁殖、克服菌群失调、改善大便性异常，且比以往单用抗生素治疗疗效迅速，并能防止粪链球菌BIO-4R株的耐药因子向大肠埃希菌K-12株转移。