许多原因可导致肠道菌群失调症，引起的原因多与饮食因素、菌丛的变化因素、药物的代谢因素、年龄因素、胃肠道免疫功能障碍因素等有关。

1、饮食因素

饮食可使大便菌丛发生明显改变，无纤维食物能促进细菌易位，食物纤维能减少细菌易位，但不能使屏障功能恢复至正常。

2、菌丛的变化因素

菌丛组成可因个体不同而存在差异，但对同一个体来说，在相当长的时期内菌丛组成十分稳定。每个菌种的生态学地位由宿主的生理状态、细菌间的相互作用和环境的影响所确定。在平衡状态下，所有的生态学地位都被占据。细菌的暂时栖生可使生态平衡发生改变。

3、药物的代谢因素

肠道菌丛在许多药物的代谢中起重要作用，包括乳果糖、水杨酸偶氮磺胺吡啶、左旋多巴等。任何抗生素都可导致结肠菌丛的改变，其取决于药物的抗菌谱及其在肠腔内的浓度。氯林可霉素和氨苄西林可造成大肠内生态学真空状态，使难辨性梭状芽孢杆菌增殖。应用西咪替丁等H2受体拮抗药可导致药物性低胃酸和胃内细菌增殖。

4、年龄因素

随着年龄的增高，肠道菌群的平衡可发生改变，双尾菌减少，产气荚膜杆菌增加，前者有可能减弱对免疫功能的刺激，后者导致毒素增加使免疫受到抑制。老年人如能维持年轻时的肠道菌群平衡，可能够提高机体免疫力。

5、胃肠道免疫功能障碍因素

胃肠道正常免疫功能来自黏膜固有层的浆细胞，浆细胞能产生大量的免疫球蛋白，即分泌型免疫球蛋白A（IgA），此为胃肠道防止细菌侵入的主要物质。一旦胃肠道黏膜合成单体，或双体IgA，或合成分泌功能发生障碍，致使胃肠道分泌液中缺乏分泌型IgA，则可引起小肠内需氧菌与厌氧菌过度繁殖，从而造成菌群失调，引起慢性腹泻。无症状的IgA缺乏者，小肠内菌群也可过度繁殖。新生儿期菌群失调发生率较高，也可能与免疫系统发育未成熟或不完善有关。